Primera temporada

da de la serie tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos capítulos de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.

Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremie trabaja en un programa para "materializar" a Aelita (transportarla desde el mundo virtual hasta el mundo real) y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremie logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita con un virus para que siga unida a Lyoko y no puedan así apagar el superordenador.

Segunda temporada [editar]

La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada.

La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta porción de la serie, Aelita vive en la tierra y llega al internado bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd y que procedía de Canadá (aunque en un principio Odd dijo que era de Holanda).

Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector (llamado Cartago) en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos y destruirle y una especie de segunda identidad que más tarde se revela como Franz Hopper atrapado en Lyoko, y es el creador del superordenador.

Mientras tanto, XANA crea y envía un monstruo llamado Scyphozoa (se pronuncia "cifosoa") para robar la memoria de Aelita. Finalmente, se revela que Aelita es hija de Franz Hopper.

Tercera temporada [editar]

En la tercera temporada, XANA logra poseer a Aelita y le ordena que borre todos los sectores menos el sector 5, donde él habita. A pesar de que el grupo de amigos trata de impedirlo, XANA tiene éxito en su operación. Sin embargo, después de todo, Jeremie frustra los planes de la entidad maligna encontrando un método por el cual ingresar al sector cinco sin necesidad de hacerlo por medio de otro sector.

Considerando que XANA ahora es más poderoso que antes, el grupo decide agregar a William Dunbar al equipo. Esto resulta ser un error desastroso ya que la Scyphozoa logra poseerlo y XANA consigue inutilizar el superordenador y, supuestamente, también destruye Lyoko. Dentro de la máquina vacía e inútil, William se transforma en una versión oscura de sí.

En esta temporada Aelita ya es libre, por lo que sin Lyoko puede permanecer viva de todos modos. Sin embargo, la destrucción del mundo virtual obstruiría las posibilidades de que pueda conocer a Franz Hopper, su padre, pero increíblemente Jeremie recibe un mensaje cifrado de él a través de Internet que demuestra que no todo está perdido.

Cuarta temporada [editar]

En la cuarta temporada, se revela que Lyoko no fue destruido completamente. Jeremie y Aelita intentan restaurar el sector cinco y logran resturar los otros 4 sectores y así continuando el seguimiento de XANA.

El grupo tiene nuevos uniformes y armas más potentes. Viajando en el Mar digital con un buque sumergible creado por Jeremie, el Skidbladnir (Skid), el grupo se encuentra con una serie de "Replikas" que son una copia de Lyoko. Cada una de estas Replikas sólo tiene un sector y estas son controladas por otro superordenador a su vez controlado por XANA. Jeremie crea una forma de materializar a sus amigos en el sitio de la Tierra de estos superordenadores con sus capacidades intactas de Lyoko. Mientras tanto, continúan combatiendo a William y en el episodio 93 (Vuelta a la Tierra) logran que vuelva a la normalidad a la Tierra y el Skid es destruído por el Koloso. Franz Hopper es destruído segundos antes de que Aelita pudiera acabar con XANA. La temporada acaba cuando cada uno habla sobre sus mejores recuerdos antes de desactivar el superordenador. En esta temporada se descubre que Aelita se apellida Schaeffer, porque Franz Hopper en realidad se llamaba Waldo Franz Schaeffer. El padre de Aelita se puso el seudónimo de "Franz Hopper" para no ser pillado por la policía. "Hopper" viene del apellido de la madre de Aelita, Antea Hopper.